鉴于日本是与中国大陆直接相邻的群岛，最早的人类不可能来自其他地方。因此，生活在我国大陆的中国人与日本人确实存在某种联系。但这些民族之间并没有直接的联系。
大家都知道我国古代的传说，历史上第一个统一中国的伟大皇帝秦始皇，在他完成统一大业后，渴望长生不老，于是派遣使者到四处寻觅长生不老药。东方有一片无边无际的大海，却丝毫没有阻挡他的脚步，他装备了一支庞大的舰队，由太监徐福指挥。
徐福于是带着三千童男童女随行——原因不明，但传说如此。他最后一次出海后再也没有返回，而是留在了一片开阔的海岛上，在那里称王。这发生在公元前219年，距离秦始皇去世还有九年。
很多人正是将徐福出海的传说与日本国的出现联系在一起。尽管日本作为一个历史上孤立且颇具民族主义色彩的岛国，但他们拒绝接受这个说法，但从某种程度上来说，中日的大陆相邻是无法辩证的事实。这也决定了日本民族的构成，走向日本岛屿的移民也发生在同一时期。
但故事必须从头讲起。
尽管现代人类很早就在东南亚定居，但第一批定居者抵达日本列岛的时间却要晚得多。这发生在上一个冰河时代末期，当时日本群岛仍然与大陆直接相连。
首批居民是古代的狩猎采集者，与菲律宾和台湾的原住民有血缘关系。冲绳人和阿伊努人的直接起源都源于他们。但他们并不会农业生产作业，而是适应自然条件——他们采集贝壳，在森林中狩猎。总的来说，他们种群的数量稀少，生活很原始。
首批居民存在的时期被称为绳纹时代，从公元前1300年一直持续到公元前300年。这一时期随着新一波移民从大陆经由海路的到达而结束。第二批移民来自朝鲜半岛，是技艺精湛的造船师、稻农和金属工匠，弥生文化正是由他们而兴起的。他们的祖先在决定性地向东迁徙之前，从如今的中国南方地区来到这里，与中华文明发祥地黄河下游的居民并没有太多的联系。
此后，岛上出现了第一个国家。根据古老的传说，日本天皇世系由此建立，至今仍统治着这个国家。后来，在新千年，日本与中国建立了联系，并借鉴了我国的许多文化、文字和社会制度的元素。
这个以日本为中心的王国也涵盖了朝鲜半岛的部分地区。由于匈奴帝国的扩张和对中国帝国的征服，游牧的通古斯-满族被迫寻找新的定居地。许多部落来到朝鲜半岛，导致当地居民在大海的庇护下，又有新的迁徙者迁往日本。这三波移民潮决定了日本大和民族的面貌。
然而，由于起源和生活方式的差异，农耕民族和狩猎采集民族之间难以很好地融合。然而，更为发达且人口众多的弥生文化代表开始强行驱逐原住民。在欧洲中世纪早期，朝廷对后来被称为阿伊努人的人们进行了一系列成功的军事行动。
率领他们的人被授予“征夷大将军”的称号——“征夷大将军”。这就是后来日本称号的由来。